Prace Macieja Jakubowskiego w zbiorach Biblioteki
- Dra Jana Steinera rys nauki o chorobach dzieci dla uczących się i lekarzy. Kraków, 1877.
- Kilka uwag w sprawie leczenia błonicy surowicą w Galicyi. Kraków, 1899.
- Kronika szpitala św. Ludwika dla dzieci w Krakowie : okres 25 lat, od r. 1876 do r. 1900. Kraków, 1901.
- O niestrawności u niemowląt (Dyspepsia infantum). Kraków, 1864.
- O stosunkach szpitala św. Ludwika dla dzieci w Krakowie : (sprawozdanie, przedłożone Ogólnemu Zebraniu Towarzystwa Opieki szpitalnej dla dzieci w Krakowie dnia 7 kwietnia 1911). Kraków, 1911.
- O zmianach kości w przebiegu krzywicy (Rachitis) : rzecz czytana na Posiedzeniu naukowem IIgo Zjazdu Lekarzy i Przyrodników Polskich we Lwowie dnia 23. lipca 1875 r. Lwów, 1876.
- Pogląd na rozwój nauki o chorobach dzieci, obok innych nauk lekarskich i przyrodniczych : odczyt w auli uniwersyteckiej przy otwarciu roku szkolnego 1900-1901 dnia 8 października. Kraków, 1900.
- Porównanie wyników leczenia dławca za pomocą tracheotomii a intubacyi krtani metodą O'Dwyer'a : referat prof. d-ra Macieja Leona Jakubowskiego, odczytany na posiedzeniu Sekcyi medycyny wewnętrznej Zjazdu lekarskiego w Krakowie, dnia 19 lipca 1891. Warszawa, 1891.
- Rzut oka na dzieje, piśmiennictwo i zakłady pedyjatryczne przez Macieja Leona Jakubowskiego. Kraków, 1865.
- Sprawozdanie z doświadczeń dokonanych antytoksyną w przebiegu błonicy : (według wykładu w Towarzystwie lekarskiem krakowskiem dnia 3. kwietnia 1895). Kraków, 1895.
- Szpital św. Ludwika dla dzieci w Krakowie, jego powstanie, rozwój i działalność dziesięcioletnia od 1876-1885 r. Kraków, 1886.
- Wskazówki żywienia i pielęgnowania dzieci w pierwszym roku życia. Kraków, 1891.
- Wskazówki żywienia i pielęgnowania dzieci w pierwszym roku życia. Kraków, 1902.
- Zarys postępu pedyatryi i rozwoju szpitali dziecięcych w Polsce w XIX-ym stuleciu. Poznań, 1905.